《狐闹干探2》讲述民国初年，叶家镇发生一起大事件，包天耀、春瀚和阿离不慎让幕后黑手曲南燕逃脱，此时沈琦表妹——留学多年的物理学家沈玉回国，带着新发明的探测仪来到叶家，很快找到了暗物质的源头。 曲南燕眼看着诡计已被识破，控制蒙面傀儡袭击叶家, 包天耀等人并肩作战击退强敌，并在沈玉的帮助下开始拯救镇民。曲南燕更加丧心病狂，控制阿离的儿时伙伴阿忠，借他之手杀害了春翰。 面对亲人、挚友的死亡，包天耀、阿离和沈玉痛苦万分，此时越来越多的镇民失去意识化作傀儡，三人决定拼命阻止曲南燕的邪恶计划，为死去亲人和朋友报仇。 沈玉利用平行之界的概念找到了暗物质能量场，并发明了摧毁黑暗力量的能量枪，三人成功冲进核心区域，拼劲全力打败了曲南燕，成功解救了被困的全镇百姓。《狐闹干探2》作为续集，情节全面升级，新加入的人物——留学归来的物理学家沈玉利用量子物理中针对“暗物质”的研究成果揭穿了巫女曲南燕的诡计，其实她并未死去，而且还附身到了叶家老太太身上，被识破的曲南燕疯狂加倍，不光杀害了叶老太太、操纵尸偶伤害无辜百姓，甚至控制叶家镇镇民成为她修炼九尾狐的工具。因为曲南燕，叶家镇陷入了空前的危机，阿离、包天耀、沈玉三人也被迫要去面对亲人、挚友的死亡。叶家镇的未来何去何从，干探小组能否彻底击败曲南燕，还小镇昔日安宁。
