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阿笠博士(——饰)的带领下，柯南等少年侦探团来到仓敷吉备津学习古代史。柯南他们发现了河中流动的桃子的箱子。箱子里装着写着桃、鬼、狗、猴子、雉的信封，里面放着一张张写着暗号的纸。柯南他们在寻找这个暗号上写的地方的时候，发现了一具他杀尸体。是刚刚在仓敷的波公园认识的自由撰稿人乾圣子。她和议员秘书桃井直人、职场女性木岛弥生、美容师猿渡健吾、金融业鬼贯守4人在一起。从地面上留下的“O”“N”“I”的死亡信息中，柯南推断4人中的一人是犯人。但是，为了确定这一点，必须要解开剩下的两个密码，并重新挖掘埋藏的时间胶囊。解开第四个暗号，找到了有被挖出的痕迹的时间胶囊，上面写着15年前在交通事故中死去的俊也。马上就要找到最后的胶囊了，但是里面没有其他像胶囊一样写着什么的纸。但是，柯南看到了底部的信封，确定了犯人。在圣子被杀的现场，集合了桃井等4人的柯南代替阿笠博士开始了推理。
